Los anticuerpos antinucleares (ANA) están dirigidos contra una variedad de antígenos nucleares y citoplasmáticos y aparecen con mayor frecuencia en las enfermedades reumáticas sistémicas. Por consiguiente, su determinación es una importante ayuda para el diagnóstico diferencial. Así, por ejemplo, los anticuerpos SS-A (Ro) y SS-B (La) se asocian con el LES y el síndrome de Sjögren (SS), y los anticuerpos anti-dsADN y anti-Sm, contra las histonas y contra los nucleosomas se relacionan con el LES (Lupus eritematoso sistémico). Los anticuerpos anti-RNP se asocian con las enfermedades mixtas del tejido conectivo y el LES, los anticuerpos anti-Scl-70 con la esclerodermia (esclerosis sistémica progresiva, ESP), los anticuerpos anti-Jo-1 con la polimiositis y la dermatomiositis, y los anticurpos contra la proteína del centrómero con el síndrome CREST.  Hasta este momento, el método de elección para la detección de ANA ha sido la prueba de inmunofluorescencia indirecta (IFT) en células eucariontes, como las células HeLa y Hep2.