Es un método de diagnóstico no invasivo, la obtención de la muestra es relativamente fácil, se utiliza muestras recién obtenida por expulsión natural. Es el estudio de la materia fecal en la búsqueda de formas parasitarias.  El análisis de heces es efectivo en la identificación de formas quísticas, trofozoitos, larvas y huevos. La identificación de los parásitos depende de la preparación adecuada del material. El análisis inmediato es indispensable.