Una de las condiciones trombofílicas que ha sido ampliamente estudiada es la actividad de la enzima 5,10 metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR), que participa en el metabolismo de la homocisteína, en la cual se han identificado la presencia de dos mutaciones, la C677T y A1298C, que originan disminución en su actividad enzimática. La presencia de la mutación A1298C en la enzima MTHFR es considerada también como un factor predisponerte para trombosis. La deficiencia de la enzima metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) es causada por la presencia de múltiples variantes en el gen MTHFR, las más comunes son C677T (cambio de cisteína por timina, en la posición 677). La baja actividad de la enzima MTHFR ocasiona acumulación de homocisteína, la deficiencia grave de la enzima MTHFR con actividad menor del 20%, conlleva a retraso en el desarrollo físico y mental, convulsiones, disfunción motora, mayor riesgo de sufrir enfermedades cardiovasculares y transmitir anormalidades congénitas por defectos en el cierre del tubo neural durante el embarazo. La deficiencia leve de MTHFR está vinculada con bajo consumo de ácido fólico, el cual puede ser corregido con una dieta adecuada. La mutación C677T, también está asociada con un mayor riesgo de producir toxicidad al metrotexato, medicamento utilizado ampliamente en el tratamiento de artritis reumatoidea, psoriasis, algunos tipos de cáncer y en trasplantes.