La fosfatasa alcalina consta de cuatro genotipos estructurales en suero: el tipo de origen hepático, óseo y renal, el tipo intestinal, el tipo placentario y la variante de las células germinales.

La fosfatasa alcalina se encuentra en los osteoblastos, los hepatocitos, los riñones, el bazo, la placenta, la próstata, los leucocitos y el intestino delgado. El tipo de origen hepático, óseo y renal es de particular importancia. Se registran valores elevados de fosfatasa alcalina en todas las formas de la colestasis, especialmente en la ictericia obstructiva.

Su actividad también está elevada en enfermedades del esqueleto tales como la enfermedad de Paget, el hiperparatiroidismo, el raquitismo, la osteomalacia, así como en fracturas y tumores malignos.

En niños y adolescentes se observa frecuentemente un fuerte incremento de la actividad de la fosfatasa alcalina, pues cuando el crecimiento óseo se acelera, la actividad de los osteoblastos aumenta.