Las apolipoproteínas son constituyentes proteicos estructurales y funcionales indispensables de las partículas de lipoproteínas circulantes. Mantienen la integridad estructural de los complejos de lipoproteínas, participan en la activación enzimática de las rutas metabólicas de las lipoproteínas y facilitan el transporte de lípidos hacia y desde las células. La APOB se sintetiza en el hígado y resulta esencial para el ensamblaje y la secreción de lipoproteínas de muy baja densidad (VLDL), que contienen principalmente triglicéridos y colesterol. En presencia de la lipoproteína lipasa, los triglicéridos se hidrolizan y se forman partículas de lipoproteínas de baja densidad (LDL) con una elevada proporción de colesterol. La apo B es el principal constituyente proteico de las LDL. Alrededor de un tercio de las partículas de LDL transportan el colesterol a las células periféricas. Las dos terceras partes restantes son metabolizadas por el hígado. La captación de LDL por estos tejidos se produce a través de los receptores de LDL y su interacción con la apo B.

Está bien establecido que las LDL ricas en colesterol y otras lipoproteínas que contienen apo B están directamente implicadas en el desarrollo de la enfermedad cardiovascular aterosclerótica (ASCVD); retención y acumulación de lipoproteínas que contienen apo B con alta concentración de colesterol dentro de la íntima arterial en los sitios de predilección para la formación de placas, siendo los principales eventos en el inicio de la ASCVD. Los niveles de Apo B en plasma están fuertemente correlacionados con los niveles de LDL, mientras que la
apolipoproteína A1 (Apo A1) se asocia principalmente con la lipoproteína de alta densidad (HDL). Los estudios epidemiológicos han demostrado que el cociente Apo B/Apo A1 refleja el equilibrio del colesterol entre lipoproteínas potencialmente aterogénicas y antiaterogénicas, y predice el riesgo de desarrollar eventos cardiovasculares (como la aterosclerosis, la enfermedad coronaria y el accidente cerebrovascular), además de la clásica determinación del colesterol HDL/LDL. Un nivel alto de Apo A1 (HDL) y un nivel bajo de Apo B (LDL) se correlacionan mejor con un bajo riesgo de padecer estas enfermedades. Se observan concentraciones elevadas de Apo B durante el embarazo, hipercolesterolemia, obstrucción biliar, hiperlipidemia de tipo II y síndrome nefrótico. Los niveles de Apo B disminuyen durante la enfermedad hepática, α‑β‑lipoproteinemia, sepsis y la administración de estrógenos.
Las guías ESC/EAS de 2019 para el tratamiento de las dislipidemias recomiendan medir la Apo B para evaluar el riesgo cardiovascular, especialmente en personas con niveles elevados de triglicéridos, diabetes mellitus, obesidad, síndrome metabólico o niveles de colesterol LDL muy bajo. También sugieren que la combinación de Apo B > 120 mg/dL y triglicéridos > 1.5 mmol/L (> 133 mg/dL) con antecedentes familiares de enfermedad cardiovascular prematura puede utilizarse para identificar a las personas que probablemente padezcan hiperlipidemia familiar combinada.