La actividad de la fosfatasa alcalina está presente en diversos tejidos, pero su concentración varía, y las concentraciones más elevadas suelen encontrarse en el hígado y el hueso. Aunque todavía no se conoce la función metabólica exacta de la enzima, parece que está asociada con el transporte de lípidos en el intestino, con el proceso de calcificación en los huesos y con la defensa del huésped a través de la desfosforilación de la endotoxina. También pueden estar presentes cantidades mínimas de fosfatasa alcalina intestinal que aumentan después de una comida.

La medición de la fosfatasa alcalina sérica total se utiliza ampliamente como indicador clínico de la salud hepática y ósea. Cualquier forma de obstrucción del árbol biliar induce la síntesis de fosfatasa alcalina por los hepatocitos, por lo que se produce un aumento de la actividad de la fosfatasa alcalina en suero en todas las formas de colestasis y particularmente en la ictericia obstructiva. También está elevada en enfermedades del sistema esquelético asociadas con una actividad osteoblástica aumentada, como la enfermedad de Paget, el
hiperparatiroidismo, el raquitismo y la osteomalacia, así como en fracturas y tumores malignos. A veces se observa un aumento fisiológico de la actividad de la fosfatasa alcalina en niños y jóvenes, pues cuando el crecimiento óseo se acelera, la actividad de los osteoblastos aumenta. La disminución de la actividad de la fosfatasa alcalina total rara vez se encuentra en el suero humano, pero puede ocurrir en la hipofosfatasia, en el mieloma múltiple con lesiones osteolíticas, secundaria a la deficiencia de la hormona del crecimiento o en el hipoparatiroidismo.