El HLA-B27 es un marcador genético que forma parte del sistema inmunitario. No es una enfermedad en sí misma, sino una característica genética que algunas personas heredan de sus padres. Su función principal es ayudar al sistema inmune a reconocer microorganismos y diferenciarlos de nuestras propias células. La presencia de la molécula B27 del antígeno leucocitario humano (HLA) de clase I está fuertemente asociada con la espondilitis anquilosante (EA), pero se desconoce su papel patogénico. Dos teorías generales explican con mayor probabilidad su función en la patogénesis de la EA. La primera se basa en la función inmunológica natural de HLA-B27 de presentar péptidos antigénicos a las células T citotóxicas. Por lo tanto, las respuestas inmunitarias restringidas por HLA-B27 a autoantígenos o péptidos artritogénicos podrían impulsar la inmunopatología. B27 también puede presentar un comportamiento anómalo, plegándose incorrectamente durante el ensamblaje y provocando estrés del retículo endoplasmático y respuestas autofágicas. Las estructuras de la cadena pesada de B27 sin β2m, incluidos los homodímeros (B272), también pueden expresarse en la superficie celular tras el reciclaje endosomal de los heterotrímeros de la superficie celular. Las cadenas pesadas libres de la superficie celular y el complejo B272 se unen a los receptores inmunitarios innatos de las células T, NK y mieloides, ejerciendo efectos proinflamatorios.